Perguntas com a marcação «lme4-nlme»

Eu tenho lido sobre o cálculo de valores de R2R2R^2 em modelos mistos e depois de ler as perguntas frequentes do R-sig, outras postagens neste fórum (eu vincularia algumas, mas não tenho reputação suficiente) e várias outras referências que eu entendo que usando valores no contexto de modelos mistos é …

13 r  mixed-model  r-squared  lme4-nlme 

Eu gostaria de obter intervalos de confiança de 95% nas previsões de um nlmemodelo misto não linear . Como nada é fornecido para fazer isso dentro de nlmemim, eu me perguntava se é correto usar o método de "intervalos de previsão da população", conforme descrito no capítulo do livro de …

12 r  mixed-model  confidence-interval  lme4-nlme 

Estou revisando um artigo sobre polinização, onde os dados são distribuídos binomialmente (os frutos amadurecem ou não). Então eu usei glmercom um efeito aleatório (planta individual) e um efeito fixo (tratamento). Um revisor deseja saber se a planta teve um efeito no conjunto das frutas - mas estou tendo problemas …

12 r  generalized-linear-model  variance  lme4-nlme  ecology 

TL; DR: a lme4otimização parece linear no número de parâmetros do modelo por padrão e é muito mais lenta que um glmmodelo equivalente com variáveis ​​dummy para grupos. Existe algo que eu possa fazer para acelerar isso? Estou tentando ajustar um modelo de logit hierárquico bastante grande (~ 50k linhas, …

12 r  mixed-model  optimization  lme4-nlme  numerics 

Eu sou um usuário mais familiarizado com R e tenho tentado estimar inclinações aleatórias (coeficientes de seleção) há cerca de 35 indivíduos com mais de 5 anos para quatro variáveis ​​de habitat. A variável de resposta é se um local foi habitat "usado" (1) ou "disponível" (0) ("uso" abaixo). Estou …

12 r  binomial  sas  random-effects-model  lme4-nlme 

Meus dados são descritos aqui O que pode causar um "erro () é um erro singular" no aov ao ajustar uma ANOVA de medidas repetidas? Estou tentando ver o efeito de uma interação usando, lmerentão meu caso base é: my_null.model <- lmer(value ~ Condition+Scenario+ (1|Player)+(1|Trial), data = my, REML=FALSE) my.model …

12 r  lme4-nlme 

Eu tenho um conjunto de dados muito pequeno sobre a abundância de abelhas solitárias que estou tendo problemas para analisar. São dados de contagem, e quase todas as contagens estão em um tratamento com a maioria dos zeros no outro tratamento. Também existem alguns valores muito altos (um em cada …

12 count-data  negative-binomial  mixed-model  zero-inflation  lme4-nlme 

Fiquei com a impressão de que a função lmer()no lme4pacote não produzia valores de p (veja lmervalores de p e tudo isso ). Eu tenho usado valores MCMC gerados p vez como por esta pergunta: efeito significativo no lme4modelo misto e esta pergunta: Não é possível encontrar p-valores na saída …

12 r  mixed-model  p-value  mcmc  lme4-nlme 

Estou ajustando um modelo de efeitos aleatórios glmera alguns dados comerciais. O objetivo é analisar o desempenho de vendas por distribuidor, levando em consideração a variação regional. Eu tenho as seguintes variáveis: distcode: ID do distribuidor, com cerca de 800 níveis region: ID geográfico de nível superior (norte, sul, leste, …

12 r  regression  mixed-model  lme4-nlme 

Eu tenho um conjunto de dados de séries temporais no qual estou tentando ajustar um Modelo de Markov oculto (HMM) para estimar o número de estados latentes nos dados. Meu pseudo-código para fazer isso é o seguinte: for( i in 2 : max_number_of_states ){ ... calculate HMM with i states …

12 r  aic  hidden-markov-model  bic  spss  manova  time-series  r  lme4-nlme  regression  modeling  negative-binomial  bayesian  bugs  state-space-models  hypothesis-testing  data-transformation  factor-analysis  sem 

Eu tenho o seguinte modelo: > model1<-lmer(aph.remain~sMFS1+sAG1+sSHDI1+sbare+season+crop +(1|landscape),family=poisson) ... e esta é a saída resumida. > summary(model1) Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation Formula: aph.remain ~ sMFS1 + sAG1 + sSHDI1 + sbare + season + crop + (1 | landscape) AIC BIC logLik deviance 4057 4088 …

12 r  poisson-distribution  lme4-nlme  glmm  overdispersion 

Estou tentando analisar dados de medidas repetidas e estou lutando para fazê-lo funcionar R. Meus dados são essencialmente os seguintes, eu tenho dois grupos de tratamento. Cada sujeito de cada grupo é testado todos os dias e recebe uma pontuação (a porcentagem correta em um teste). Os dados estão no …

12 r  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

Eu ajustei um modelo mais recente com o seguinte (embora composto): Random effects: Groups Name Std.Dev. day:sample (Intercept) 0.09 sample (Intercept) 0.42 Residual 0.023 Eu realmente gostaria de criar um intervalo de confiança para cada efeito usando a seguinte fórmula: (n−1)s2χ2α/2,n−1,(n−1)s2χ21−α/2,n−1(n−1)s2χα/2,n−12,(n−1)s2χ1−α/2,n−12 \frac{(n-1)s^2}{\chi^2_{\alpha/2, n-1}},\frac{(n-1)s^2}{\chi^2_{1-\alpha/2,n-1}} Existe uma maneira de obter convenientemente os …

11 lme4-nlme  mixed-model 

Estou executando um glmm com uma variável de resposta binomial e um preditor categórico. O efeito aleatório é dado pelo design aninhado usado para a coleta de dados. Os dados são assim: m.gen1$treatment [1] sucrose control protein control no_injection ..... Levels: no_injection control sucrose protein m.gen1$emergence [1] 1 0 0 …

11 r  generalized-linear-model  lme4-nlme  separation 

Minha pergunta é baseada nesta resposta que mostrou qual lme4::lmermodelo corresponde a uma ANOVA de medidas repetidas nos dois sentidos: require(lme4) set.seed(1234) d <- data.frame( y = rnorm(96), subject = factor(rep(1:12, 4)), a = factor(rep(1:2, each=24)), b = factor(rep(rep(1:2, each=12))), c = factor(rep(rep(1:2, each=48)))) # standard two-way repeated measures ANOVA: …

11 r  anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme