Perguntas com a marcação «petsc»

Eu tenho vários problemas desafiadores de otimização global não convexa para resolver. Atualmente, uso o Optimization Toolbox do MATLAB (especificamente, fmincon()com o algoritmo = 'sqp'), o que é bastante eficaz . No entanto, a maior parte do meu código está em Python, e eu adoraria fazer a otimização em Python …

77 python  optimization  nonlinear-programming  linear-algebra  linear-solver  sparse-matrix  ode  automatic-differentiation  efficiency  matrix  symbolic-computation  pde  multiphysics  operator-splitting  fluid-dynamics  pde  multigrid  pde  hyperbolic-pde  quadrature  precision  numerical-analysis  fluid-dynamics  interpolation  c  ode  testing  data-sets  pde  fluid-dynamics  hyperbolic-pde  pde  finite-element  fluid-dynamics  stability  incompressible  pde  hyperbolic-pde  fluid-dynamics  pde  precision  floating-point  convex-optimization  conditioning  pde  hyperbolic-pde  stability  implicit-methods  explicit-methods  fluid-dynamics  accuracy  pde  hyperbolic-pde  petsc  linear-algebra 

O que pode dar errado ao usar métodos Krylov pré-condicionados da KSP ( pacote de solucionadores lineares do PETSc ) para resolver um sistema linear esparso, como os obtidos pela discretização e linearização de equações diferenciais parciais? Que etapas posso tomar para determinar o que está errado com o meu …

26 linear-algebra  petsc  preconditioning  krylov-method  iterative-method 

Até onde eu sei, as duas grandes estruturas genéricas de software de ciências computacionais do Departamento de Energia dos EUA são PETSc e Trilinos . Eles parecem semelhantes à primeira vista, além das diferenças de linguagem (C versus C ++). Quais são as principais diferenças entre as duas estruturas e …

24 petsc  software  trilinos 

Estou usando o SNES do pacote de resolução não-linear do PETSc para resolver um sistema de equações não-lineares obtido discretizando uma equação diferencial parcial. Como posso determinar por que o solucionador não está convergindo e o que posso fazer para resolver com êxito minhas equações?

22 petsc  pde  implicit-methods 

Estou planejando usar multigrid para calcular alguns autovalores e vetores, e notei que o PETSc tem suporte de alto nível para multigrid. A documentação do PETSc diz que essa parte do PETSc não deve ser usada, pois será substituída em breve. Quais outras bibliotecas têm suporte de alto nível para …

17 petsc  libraries  multigrid 

Gostaria de saber se existe uma maneira rápida de calcular a distância euclidiana de dois vetores na oitava. Parece que não há função especial para isso, então devo usar apenas a fórmula com sqrt?

16 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

Eu tenho um PETSc Mate gostaria de estimar seu número de condição.

15 petsc  linear-algebra 

Onde quer que eu tenha visto, os tutoriais / documentos do PETSc etc. dizem que é útil para álgebra linear e geralmente especifica que sistemas esparsos serão beneficiados. E matrizes densas? Estou preocupado sobre como resolver para densa .AA x = bUMAx=bAx=bUMAUMAA Eu escrevi meu próprio código para CG e …

14 linear-algebra  petsc  blas 

Eu estava brincando com o PETSc e percebi que quando executo meu programa com mais de um processo via MPI, ele parece correr ainda mais devagar ! Como posso verificar para ver o que está acontecendo?

14 linear-algebra  petsc 

Normalmente, escrevo código serial e, quando o faço, escrevo testes de unidade com alguma estrutura de teste no estilo xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose ou estrutura de teste C ++ do Google). Com base em uma pesquisa superficial do Google, não tenho visto muito sobre como os profissionais praticam …

13 parallel-computing  petsc  mpi  testing  reproducibility 

Pergunta: Quais métodos estão disponíveis para calcular com precisão e eficiência a estrutura de esparsidade de uma matriz de elementos finitos? Info: Estou trabalhando em um solucionador de equações de pressão de Poisson, usando o método de Galerkin com base em Lagrange quadrático, escrito em C, e usando o PETSc …

13 matrix  finite-element  petsc  performance 

Meu sistema é um problema simétrico de FE com multiplicadores de lagrange (por exemplo, fluxo incompressível de Stokes): ( ABBTC)(ABTBC)\begin{pmatrix}A & B^T \\ B & C\end{pmatrix} onde é o caso típico (eu até me certifiquei de que as equações sejam numeradas para que os multiplicadores de Lagrange apareçam por último). …

12 finite-element  petsc  krylov-method  preconditioning 

Preciso resolver o mesmo sistema linear esparso (300x300 a 1000x1000) com muitos lados do lado direito (300 a 1000). Além deste primeiro problema, eu também gostaria de resolver sistemas diferentes, mas com os mesmos elementos diferentes de zero (apenas valores diferentes), ou seja, muitos sistemas esparsos com padrão de esparsidade …

12 linear-algebra  petsc  linear-solver  sparse-matrix 

Quanto mais lento o petsc4py vs c / c ++ / fortran? Sei que isso dependerá significativamente do código que está sendo executado, mas e algo simples como um produto de vetor de matriz?

11 petsc  python 

Aqui está um uso típico de ponteiros de função em C. Eu gostaria de fazer algo semelhante no Fortran. Tenho algumas idéias, mas gostaria de saber se existe alguma maneira canônica de fazer isso. Os ponteiros de função e os contextos transmitidos pelo usuário são armazenados e depois chamados posteriormente. …

11 petsc  fortran